自営業を営む個人（個人事業主）や年金生活者などは、収入や費用を自分で申告しなければならない。
申告時期は、毎年度、翌年2月16日から3月15日までの1か月間である。期日が土曜日・日曜日と重なると順次繰り下げ、月曜までとなる。2008年度についての申告期間は2009年2月16日から3月16日まであった。なお、2009年度の申告時期は通常通り（2010年2月16日から3月15日まで）となる。
ただし源泉徴収額が所得税額より多く、還付を受ける場合（＝還付申告）は、申告期限前にあたる翌年1月1日（税務署の窓口に提出する場合は、官庁御用始めとなる、1月4日以降の最初の平日）から2月15日（ただし、日曜日・土曜日に重なる場合はそれぞれ2月16日・2月17日）までの間でも申告書を提出することができる。
なお、納税申告となる者が誤って2月15日（ただし、日曜日・土曜日に重なる場合はそれぞれ2月16日・2月17日）以前に申告書を提出した場合も、申告期限まで税務署等が預るとみなして申告書を収受するため、提出を拒まれるという訳ではない。また、還付申告は課税対象期間の翌年から5年後まで申告が可能である。
確定申告により納付すべき税金がある場合、期限後の申告には無申告加算税が加算される。また、納付期限後の納付には延滞税が加算されることがある。
